Był przyjacielem Hermanna Göringa, leczył go z uzależnienia od morfiny.
Działalność w Generalnym Gubernatorstwie Obermedizinalrat Jost Walbaum przyjechał jako urzędnik cywilny przy Armii Południe na początku października 1939 r. do Krakowa, gdzie Seyss-Inquart organizował administrację cywilną. Wtedy też z ramienia rządu Rzeszy ustanowiony został jako przedstawiciel Przywódcy Zdrowia Rzeszy Leonarda Conti w Generalnym Gubernatorstwie. Jako Regionalny Przywódca Zdrowia (Gebietsgesundheitsführer) był odpowiedzialny za sprawy partyjne i zawodowe dotyczące niemieckich pracowników ochrony zdrowia, a także za kwestie, którymi zajmował się Główny Urząd NSDAP do spraw Zdrowia Publicznego w Krakowie. Jednak już w 15 grudnia tego roku Hans Frank równolegle powołał go na kierownika Wydziału Zdrowia i Publicznej Opieki Zdrowotnej (Abteilungspräsident Gesundheitswesen und Gesundheitliche Volkspflege) w Urzędzie Generalnego Gubernatora. W lutym 1940 Walbaum utworzył w Generalnym Gubernatorstwie pod swoim kierownictwem Izbę Zdrowia, w której połączono wszystkie zawody medyczne: lekarzy, aptekarzy, dentystów, masażystów, pielęgniarki itd. (Präsident der Gesundheitskammer). Od kwietnia 1941 r. kierował Wydziałem Zdrowia wchodzącym w skład Wydziału Głównego Spraw Wewnętrznych rządu Generalnego Gubernatorstwa.