Tworzą owocniki w postaci apotecjum, klejstotecjum lub mocno zredukowane. Zredukowane formy składają się tylko z kilku worków w skupiskach na strzępkach wegetatywnych, są niemal zamknięte i przypominają perytecja. Apotecja mają wielkość od kilku mm do 20 cm i mogą być siedzące lub osadzone na trzonkach. Hymenium znajduje się na wewnętrznej stronie apotecjum i składa się z worków i parafiz. Worki mają zazwyczaj kształt cylindryczny i są 8-zarodnikowe. U większości gatunków grzybów nadziemnych zarodniki są na ogół aktywnie uwalniane przez otwór w wierzchołku worka wskutek narastającego w nim ciśnienia osmotycznego. U gatunków podziemnych zarodniki pozostają w workach dopóki owocnik nie zostanie zjedzony lub mechanicznie rozbity.
U wszystkich gatunków kustrzebkowców askospory są bezprzegrodowe. Mają kształt od kulistego do łódeczkowatego, powierzchnię gładką, lub z różnego rodzaju ornamentacją. Ściany zarodników są wielowarstwowe o różnej grubości każdej ze ścian. Większość askospor jest szklista, ale są też askospory fioletowe, brązowe lub żółtawe. Liczba jąder na zarodnik waha się od 1, 2, 4 do wielu, askospory często zawierają gutule. Barwa hymenium zależy także od barwy parafiz. Są żółte, czerwone i pomarańczowe i zawierają pigmenty karotenoidowe. Parafizy na ogół są septowane.