W górach pierwotnie występowały sosny, dęby i akacje. Lasy te zostały jednak mocno przetrzebione na potrzeby głównie przemysłu. Obecnie zajmują jedynie 12% powierzchni kraju. Jednak większe kompleksy leśne zachowały się w Ar-Rifie oraz w Atlasie Wysokim i Średnim z dębami, oliwkami i pistacjami. Licznie występują krzewy i pnącza. Występuje tu także cedr atlantycki, który porasta góry do wysokości 3000 m n.p.m.
Na obszarach półpustynnych i pustynnych występują suchorośla, a miejscami rosną palmy daktylowe, które porastają także nieliczne oazay.
Fauna thumb|200px|Makak berberyjski, Szallalat Uzud Duża część pierwotnej fauny uległa wyniszczeniu wraz z napływem ludności. Jeszcze w czasach rzymskich w lasach Ghabat al-Mamura bytowały słonie. W lasach koło Meknesu żyły lwy. Lasy te jednak podpalono w XVII wieku, by uporać się z drapieżnikami, które stanowiły plagę dla miejscowych. Słonie wyginęły pod koniec starożytności, a ostatni lew padł na początku XX w.