W listopadzie 2001 r. New Horizons został oficjalnie wybrany do finansowania w ramach programu New Frontiers. Jednak nowy administrator NASA mianowany przez administrację George'a Busha, Sean O’Keefe, nie udzielał poparcia dla tej misji, ponadto skutecznie ją anulował, nie włączając jej do budżetu NASA na rok 2003. Zastępca administratora NASA w Dyrekcji Misji Naukowych Ed Weiler skłonił Sterna do lobbowania na rzecz finansowania New Horizons w nadziei, że misja pojawi się w publikacjach z serii Planetary Science Decadal Survey, która jest priorytetową „listą życzeń” opracowaną przez organizację National Research Council (NRC), która odzwierciedla opinie społeczności naukowej.
Po intensywnej kampanii na rzecz uzyskania poparcia dla programu New Horizons, latem 2002 roku opublikowano Planetary Science Decadal Survey na lata 2003-2013. New Horizons znalazł się na szczycie listy projektów uznawanych przez społeczność naukową za najwyższy priorytet w kategorii średniej wielkości;