Wobec znacznych strat we flocie Japończyków zawodziła łączność z krajem macierzystym. Ponadto, w roku 1593 z odsieczą Korei przybyły wojska chińskiej dynastii Ming (cesarz chiński uważał Koreę za swoją strefę wpływów). W bitwie pod Pjongjangiem, 6–8 lutego 1593, wojska chińsko-koreańskie pokonały Japończyków i zaczęły ich stopniowo wypierać z Półwyspu.
Już późną wiosną 1593 roku podjęto negocjacje, ale zuchwałe żądania Toyotomiego (między innymi oddanie cesarskiej córki za żonę) uniemożliwiły trwałe porozumienie. Mimo to trwał rozejm: Chińczycy wycofali większość swych armii z Korei, a Japończycy utrzymywali się wówczas tylko w niewielkiej części południowej Korei. Po nieudanych pertraktacjach wojna została wznowiona w 1597 roku. Dopiero całkowita klęska Japonii na morzu w bitwach pod Myŏngyang i Noryang sprawiła, że wojska japońskie zostały zmuszone do opuszczenia Korei w 1598 roku. Admirał Yi Sun-sin zginął w ostatniej zwycięskiej bitwie.
Śmierć Hideyoshiego w tymże 1598 roku i wybuch kolejnej wojny domowej w Japonii zakończyły dążenia Japończyków do panowania nad Koreą. Następnej inwazji na Koreę Japonia (tym razem z powodzeniem) dokonała dopiero w XIX wieku, w czasie wojny chińsko-japońskiej 1894–1895.