W 1366 król Kazimierz III Wielki wydając przywilej lokacyjny pozwolił discreto Phalislao Rzoslon założyć wieś na prawie niemieckim (tzw. prawo magdeburskie) po obu stronach potoku zwanego Brzozowa. W 1444 po uzyskaniu przywileju miejskiego miejscowość uzyskała prawo urządzania 2 jarmarków w roku w wigilię Zielonych Świątek i dzień Narodzenia Najświętszej Marii Panny (8 września) oraz targ tygodniowy organizowany we wtorki.
W 1419 król nadał za zasługi szlachetnemu rycerzowi Matjaszowi Czarnemu wieś Brzozowa, zwaną także Lobetanz. Nowotaniec był własnością rodziny Balów herbu Gozdawa do połowy XVI w.
Nowotaniec to miasto od 25 lutego 1444 według przywileju króla Władysława wydanego w Orszawie nad Dunajem. W 1435 pojawiła się po raz pierwszy nazwa Nowotaniec. Kościół parafialny pw. św. Mikołaja wzmiankowany jest od 1424.
Parafię nowotaniecką założył w 1462 Jan Bal (zm. 1480), stolnik sanocki. Od 1508 część miasta należała do Macieja Wzdowskiego, a następnie do jego syna Adama. W 1511 Maciej Wzdowski nadał miastu kolejne przywileje, a w 1520 jego syn Adam powierzył dzierżawcy swemu Pawłowi Dynowiczowi osadzenie tu nowych kmieci. W latach 1558–1713 pod wpływem prądów reformatorskich w Nowotańcu powstał kościół tzw. helwecki