W 1613 protestanci oddali katolikom świątynię, budując nową. W 1698 odbywał się jeszcze w Nowotańcu synod kalwiński.
XVIII w. to okres upadku miejscowości. W 1624 Tatarzy zniszczyli dobra należące do całej parafii, kościół oraz kaplicę należącą do Nowotańca w Bukowsku. W 1647 Władysław IV Waza zapewnił Nowotańcowi gospodarczą pomyślność, wydając w tym roku przywilej na skład wina węgierskiego. W 1673 mienie mieszczan nowotanieckich zostaje złupione po raz pierwszy przez wojska własnego autoramentu. W tym samym roku dobra Stanów, w tym sam Nowotaniec, łupi ich własna siostra, Krystyna Zalewska z Biecza. Wskutek pożaru całej parafii Sejm Wiszeński (Sądowa Wisznia) z 1714 zwolnił Nowotaniec od wszelkich podatków. W 1713 na prośbę braci Stanów król August II Sas ustanowił w Nowotańcu cztery jarmarki roczne, a mianowicie w dzień św. Filipa i Jakuba apostołów (3 maja), w pierwszą niedzielę po św. Trójcy, w dzień Narodzenia Najświętszej Marii Panny (8 września) oraz w dzień św. Marcina (11 listopada). Mimo tego miasteczko nie wróciło już do dawnej świetności. W 1717 r. w wyniku utraty wpływów przez protestantów oraz porażki stronnictwa proszwedzkiego Stanowie sprzedają Nowotaniec oraz przyległe wsie katolikowi, łowczemu lwowskiemu Józefowi Bukowskiemu za kwotę 52.370 złp i zobowiązanie spłaty siostry Stanów w kwocie 9.500 złp.