Przewidywano dla niego rolę myśliwca. Po zmianie zamykanego stanowiska obserwatora na otwarte prototyp w czerwcu 1936 roku rozpoczął próby wojskowe. Po przeróbce oszklenia kabiny i dodaniu slotów lotnictwo przyjęło samolot do uzbrojenia. Między lutym i lipcem 1937 roku zbudowano 81 maszyn od MM.75081 do MM.75161.
Ba65/A.80 Samoloty seryjnie dostosowano do zabierania 1000-kilogramowych bomb. Samolot pomimo początkowych przychylnych opinii pilotów okazał się być źródłem nieustających kłopotów i problemów. Narzekano na zbyt dużą prędkość podchodzenia do lądowania, niewystarczającą widoczność przez przedni wiatrochron, utratę siły nośnej przy zwrotach. Samolot okazał się przeciążony, zwłaszcza w konfiguracji dwuosobowej. W początkowym okresie użytkowania samolotu doszło do wielu katastrof gdyż pilotujący Ba.65, latający do tej pory na samolotach ze stałym podwoziem, zapominali je wysunąć podczas podchodzenia do lądowania. Sytuację zmieniło zamontowanie nowego silnika Fiat A.80 R.C.41 o mocy 735 kW (1000 KM), które wydłużyło konstrukcje o 36 cm. Napędzane nim samoloty produkowano od stycznia do września 1938 roku. Zastosowano w nich ponadto hydrauliczny mechanizm chowania podwozia.