Dokładna data powstania nie jest znana, lecz wiadomo, że istniała już w 1624.

Początkowo parafia nie była związana z miejscem, w którym znajduje się obecny kościół parafialny, ponieważ w miejscu tym do drugiej połowy XVII w. działał zbór protestancki. Powstanie parafii łączy się natomiast z sanktuarium św. Marii Magdaleny w Puszczy Solskiej w południowej części miasta, które budowano od 1621, a także z nieokreśloną do końca kaplicą, którą zbudowano w 1604. Wiadomo też, że w latach 1644-1717 parafią opiekowali się zakonnicy – franciszkanie z klasztoru ze wspomnianego sanktuarium.

W 1692 ta istniejąca dotychczas parafia została rozdzielona na dwie osobne:

parafię Puszcza Solska ze świątynią w sanktuarium św. Marii Magdaleny, parafię Biłgoraj ze świątynią, której budowę rozpoczęto w miejscu dotychczasowego zboru protestanckiego.

Około 1700 z inicjatywy Stanisława Antoniego Szczuki, ówczesnego właściciela Biłgoraja, w miejscu dotychczasowego zboru protestanckiego powstała drewniana świątynia katolicka, której nadano wezwanie Wniebowzięcia NMP. Stała się ona kościołem parafialnym dla niedawno powstałej parafii Biłgoraj. W latach 1735–1755 w miejscu tej drewnianej świątyni zbudowano w stylu barokowym obecnie istniejący kościół