W 1717 proboszczem został ks. Jan Kanty Mroczkowski. Doprowadził on do powstania parafialnej szkoły oraz szpitala dla ubogich. Parafia prowadziła wtedy też przytułki, domy opieki i bibliotekę. W 1741 przy parafii powstała społeczna organizacja religijna o nazwie Bractwo Trójcy Świętej. Jej cel stanowiło pogłębianie życia religijnego mieszczan oraz pomaganie proboszczowi w pracy. Oprócz tego bractwa powstawały wtedy też inne, podobne stowarzyszenia.
Do początku XIX w. parafia znajdowała się w granicach diecezji chełmskiej. W latach 1805–1807 tę diecezję zlikwidowano, a parafia znalazła się w nowo powołanej diecezji lubelskiej. Zmienna była również przynależność dekanalna: w różnych okresach parafia należała m.in. do dekanatów Turobin, Urzędów i Tarnogród. W 1867 stała się ona siedzibą nowo powołanego dekanatu Biłgoraj.
W 1919 parafia przejęła kościół pw św. Jerzego w Biłgoraju, który dotąd był świątynią greckokatolicką i prawosławną. W latach 1919–1940 i 1945–1984 pełnił on funkcję kościoła rektoralnego.