Po pierwszym aresztowaniu wypuszczono go na krótko. Kolejna akcja okupanta miała miejsce w 23 lipca 1940 Gestapo aresztowało wtedy nie tylko ks. Czesława Brodę, ale i płk. Stanisława Eustachiewicza (1883–1948). Ks. Czesław Broda więziony był w Jarosławiu i Tarnowie, skąd po dwóch tygodniach został wywieziony do niemieckiego obozu koncentracyjnego Sachsenhausen (KL).
3 września 1940 przewieziono go do Dachau (KL) i zarejestrowany został z numerem obozowym 18218. W czasie pobytu w obozie, do którego przewieziono wielu polskich księży, poddawany był okrutnym represjom ze strony hitlerowskich strażników. Nieludzkie traktowanie, bicie, głodzenie i niewolnicza praca sprawiły, że siły księdza się wyczerpały. Zmarł, jak zapisano w aktach, na ciężkie zapalenie płuc w wieku 55 lat.
Beatyfikacja Ks. Czesław Broda zaliczony jest do drugiej grupy polskich męczenników z okresu II wojny światowej, których proces beatyfikacyjny rozpoczął się 17 września 2003 roku.
Zobacz też 108 błogosławionych męczenników Słudzy Boży II procesu beatyfikacyjnego drugiej grupy polskich męczenników z okresu II wojny światowej modlitwa za pośrednictwem świętego
Bibliografia