Był członkiem rządów Salego Berishy. Od marca 2007 do września 2009 sprawował urząd ministra spraw wewnętrznych. Od września 2009 do kwietnia 2011 pełnił funkcję ministra sprawiedliwości. W kwietniu 2011 ponownie stanął na czele resortu spraw wewnętrznych. W lipcu 2012 upływała kadencja prezydenta Bamira Topiego. Główne ugrupowania (rządzący demokraci i opozycyjni socjaliści) nie byli w stanie dojść do porozumienia. W pierwszych trzech turach (z 30 maja, 4 czerwca i 8 czerwca 2012) nie przeprowadzono głosowania nad żadnym kandydatem (wymagana była wówczas większość 84 głosów w parlamencie). Demokratyczna Partia Albanii wysunęła wówczas kandydaturę Bujara Nishaniego. 11 czerwca 2012 parlament w czwartej turze (w której wystarczyła zwykła większość) wybrał go na urząd prezydenta Albanii. W głosowaniu wzięło udział 76 deputowanych (na 140), a kandydat demokratów otrzymał 73 głosy. W tym samym miesiącu zakończył pełnienie funkcji ministra.