Urząd prezydenta objął 24 lipca 2012. Pierwszą zagraniczną wizytę złożył w tym samym roku w Kosowie. W 2016 podczas przemówienia w Organizacji Narodów Zjednoczonych poparł ratyfikację paryskiego porozumienia klimatycznego, zwiększanie pomocy humanitarnej w miejscach objętych konfliktami zbrojnymi oraz przestrzeganie zobowiązań poszczególnych państw w zakresie bezpieczeństwa. W 2017 uhonorował grupę Albańczyków którzy podczas II wojny światowej ratowali Żydów.
Jego pięcioletnia kadencja upłynęła 24 lipca 2017. Zajmował później stanowisko przewodniczącego rady krajowej Demokratycznej Partii Albanii. Otrzymał tytuły honorowego obywatela Libohovy, Szkodry, Prizrenu i Glogovaca.
Życie prywatne thumb|250px|Grób Bujara Nishaniego na cmentarzu w Sharrë w Tiranie Jego żoną była Odeta Nishani z domu Kosova, z którą miał dwoje dzieci: syna Ersiego i córkę Fionę.
Zmarł 28 maja 2022 w szpitalu w Niemczech w wyniku komplikacji zdrowotnych stanowiących następstwo choroby COVID-19.