w roku 1829 odświeżono polichromię ołtarza, 1848 remont dachu i tynkowanie, 1859 malowanie ścian i sklepienia, w latach 1907–1908 gruntowny remont wnętrza i elewacji.
W czasie II wojny światowej, począwszy od roku 1944, bonifratrzy potajemnie ukrywali w krypcie pod świątynią kilkudziesięciu jeńców wojennych, przywożonych do pobliskiego szpitala; w tak przygotowanej kryjówce większość z nich doczekała końca wojnyBeata Maciejewska, Tajemnica krypty bonifratrów Gazeta Wyborcza Wrocław, 2002. Straty poniesione w wyniku działań wojennych w roku 1945 w porównaniu z innymi wrocławskimi kościołami okazały się niewielkie – wyniosły one ok. 6%, a dla porównania pobliski kościół św. Maurycego został zniszczony w 55%Wrocław - jego dzieje i kultura, praca zbiorowa pod red. Z. Świechowskiego, 1978, Wyd. Arkady, Warszawa.. Zniszczeniu uległy w całości okna i witraże oraz część wieży, spłonęły także konfesjonały. W latach 1945–1949 z powodu zniszczeń wspomnianego powyżej kościoła św. Maurycego kościół Trójcy Świętej pełnił tymczasowo funkcję świątyni parafialnej, później powrócił do swojej pierwotnej funkcji świątyni klasztornej, którą pełni nieprzerwanie do dziś.