W 1900 r. został profesorem nadzwyczajnym filologii słowiańskiej w Helsinkach, a w 1921 r. profesorem zwyczajnym. Studentom slawistyki najbardziej znana jest jego trzytomowa synteza Urslavische Grammatik (t. 1 [akcent, samogłoski]: 1913; t. 2 [spółgłoski]: 1942; t. 3 [morfologia] wydany pośmiertnie: 1950).
Mniej powszechnie natomiast wiadomo, że zasłużył się także dla turkologii publikując Die Chronologie der türkischen Donaubulgaren (w: Journal de la Société Finno-Ougrienne 30 : 1-25), którym to studium zainicjował dyskusję nad nazewnictwem osobowym chanów bułgarskich, wykazując, że osobliwe, niesłowiańskie imiona w odkrytej w 1866 r. liście chanów dadzą się objaśnić turkijskimi nazwami lat w tzw. kalendarzowym cyklu zwierzęcym i turkijskimi liczebnikami.
O uznaniu, jakim Mikkola cieszył się w świecie slawistycznym, świadczy fakt, że Uniwersytet w Lipsku zaproponował mu objęcie katedry języków słowiańskich po śmierci Augusta Leskiena (1840–1916). Mikkola propozycji jednak nie przyjął, ponieważ nie chciał opuszczać Finlandii, tym bardziej, że żoną jego była Maila Talvio, pisarka, tłumaczka literatury polskiej i działaczka kulturalna.