Wody Duże opady i wilgotny klimat sprawiają, że Gwinea Równikowa posiada rozbudowaną sieć rzeczą i jest zasobna w wodę. Obszary górskie w wielu miejscach rozcięte są dolinami rzek. Do największych należą Río Benito i Río Utamboni. Większość rzek jest krótka, licznie występują wodospady. Wszystkie rzeki należą do zlewiska Oceanu Atlantyckiego.
Gleby Do głównych gleb należą czerwonożółte luwisole, charakterystyczne dla lasów deszczowych. Doliny rzek pokryte są glebami aluwialnymi. Natomiast wyspy są w głównej mierze zdominowane przez bardzo żyzne andosole – gleby pochodzenia wulkanicznego. Wybrzeża zarówno Gwinei kontynentalnej, jak i miejscami na wyspach, są pokryte glejsolami – glebami bagiennymi.
Flora Gwinea Równikowa charakteryzuje się dużą bioróżnorodnością. Występuje tu ponad 3250 gatunków, w tym 66 gatunków endemicznych i 23 zagrożonych. Flora Gwinei Równikowej nie jest jeszcze dobrze poznana i do dziś odkrywane są tu nowe gatunki.
Pierwotnie cała Gwinea Równikowa była usłana wiecznie zielonymi lasami tropikalnymi. Dziś w wyniku rabunkowej gospodarki człowieka 57.5% to obszary leśne (dane szacunkowa na 2011 rok). Dodatkowo część z nich to lasy wtórne, które mają o wiele mniej bogatą szatę gatunkową. Do najbardziej znanych gatunków drzew należą okume i mahoń. W sumie w kraju występuje ponad 140 gatunków drzew.