Obszary nadmorskie są porośnięte bagiennymi lasami namorzynowymi. Wyspy Bioko i Annobón mają podobną szatę roślinną, z dużą liczbą gatunków endemicznych. Na Bioko występuje 1105 gatunków w tym 12% endemitów a na Annobón – 20 gatunków endemicznych. W regionie Santa Isabel rośnie Solanecio lainzii z rodziny astrowatych – jest to jedyne miejsce jej występowania na świecie.
Endemity Wśród gatunków endemicznych Gwinei Równikowej wyróżniają się: Acalypha annobonae – gatunek z rodzaju pokrzywiec występujący wyłącznie na wyspie Annobón Afroligusticum townsendii – gatunek zagrożony z rodzaju Afroligusticum Asplenium annobonense – gatunek z rodzaju zanokcica Asplenium carvalhoanum – gatunek z rodzaju zanokcica Begonia aequatoguineensis – gatunek z rodzaju begonia występujący wyłącznie w Parku Narodowym Monte Alén Bertiera annobonensis – gatunek z rodzaju Bertiera występujący wyłącznie na wyspie Annobón Chonopetalum stenodictyum Crossandrella cristalensis Cyathula fernando-poensis Discoclaoxylon pubescens Ficus annobonensis Genyorchis saccata Isoetes spinulospora Macropodiella uoroensis Polystachya engongensis Polystachya retoculata Polystachya riomuniensis Renealmia mannii Schoenoplectus heptangularis Viscum grandicaule