Na zaproszenie biskupa Henryka Przeździeckiego w dniach 25–26 czerwca 1931 roku, neounicką parafię w Kostomłotach odwiedził Wizytator Apostolski obrządku bizantyjsko-słowiańskiego biskup Mikołaj Czarnecki. W tym czasie parafia liczyła 273 osobyks. Z. Nikoniuk, Kostomłoty droga ku jedności, s.45.
Od początku II wojny światowej do listopada 1941 roku zarekwirowana plebania służyła za kwaterę żołnierzy niemieckich. 22 sierpnia 1940 roku proboszczem w Kostomłotach został ks. Aleksander Przyłucki. Jako zarządca parafii nie dopuścił do ponownego przejęcia cerkwi i plebanii przez prawosławnych.
Po ustaniu działań wojennych 23 maja 1944 roku odbyła się wizytacja kanoniczna parafii, której dokonał administrator diecezji podlaskiej biskup Czesław Sokołowski. W 1947 roku w ramach zorganizowanej przez władze Polski Ludowej akcji „Wisła” niemalże wszystkich mieszkańców parafii kostomłockiej wywieziono na Ziemie Odzyskane. W parafii pozostawiono tylko starców i tych, którym nie pozwalał na to stan zdrowia. Pozostał również ks. Aleksander PrzyłuckiC. Gawryś, Ruska wiara, s.120-121. 18 listopada 1947 roku parafię wizytował dziekan dekanatu terespolskiego ks. Roman Soszyński, który zapisał w protokole powizytacyjnym: „Cerkiew wymaga remontu, dochodów parafia nie ma bo wiernych wywieziono w olsztyńskie. Ziemia parafialna leży odłogiem”ks. Z.