Dwa miesiące później zamówienie zostało jednak anulowane przez sekretarza sił powietrznych.
W wywiadzie udzielonym w 1979 roku, John Northrop twierdził, że powodem takiej decyzji był brak jego zgody na połączenie się z firmą Convair, którą forsował ówczesny sekretarz sił powietrznych Stuart Symington. Inną przyczyną mogło być pojawienie się samolotu Boeing B-47 Stratojet, który swoimi osiągami przewyższał konstrukcję Northropa. 14 marca 1950 roku YB-49 wykonał swój ostatni lot, a dzień później cały program został całkowicie anulowany. Próby wersji rozpoznawczej trwały rok dłużej i zakończyły się 26 kwietnia 1951 roku.
Idea Johna Northropa jednak nie umarła, prawie 40 lat po ostatnim locie YB-49, 17 lipca 1989 roku w powietrze wzniósł się Northrop B-2 Spirit.
Konstrukcja mały|lewo|upright=1.1|YRB-49A Northrop YB-49 był całkowicie metalowym samolotem zbudowanym w układzie latającego skrzydła. Napędzany był ośmioma, lub w wersji rozpoznawczej – sześcioma silnikami turboodrzutowymi. W pierwszej wersji silniki były zgrupowane po cztery po obu stronach szczątkowego kadłuba, w niewielkim stopniu wystającego poza obrys płata.