Pierwsze wspólne centrum kontroli ruchu lotniczego powstało w 1964 r. z inicjatywy pozostałych 4 państw założycielskich – RFN, Holandii, Luksemburga oraz Belgii. Centrum Kontroli Górnej Przestrzeni Powietrznej rozpoczęło swoją działalność w 1972 r. w Maastricht w Holandii i istnieje do dziś.
W 1963 r. państwa zgodziły się na utworzenie Centrum Eksperymentalnego Eurocontrol (EEC), które rozpoczęło swoją działalność we francuskim Brétigny-sur-Orge 4 lata później. W tamtym roku powołano także pierwszego dyrektora generalnego, René Bulin oraz ulokowano siedzibę organizacji w Brukseli. Podpisane zostały umowy z Organizacją Międzynarodowego Lotnictwa Cywilnego (ICAO) oraz Federalną Administracją Lotnictwa Stanów Zjednoczonych (FAA).
Kolejne centra kontroli przestrzeni powietrznej powstały w Shannon w Irlandii oraz Karlsruhe w Niemczech, otwarte zostało także Centralne Biuro Opłat Trasowych () z siedzibą w Brukseli i Institute of Air Navigation Services (IANS) w Luksemburgu.