W połowie lat 80. zaczęto myśleć nad rozszerzeniem działalności organizacji oraz aktualizacją konwencji protokołem, w związku ze zwiększającym się natężeniem w europejskiej sieci kontroli przestrzeni powietrznej. Inicjatywa pochodziła zwłaszcza ze strony Europejskiej Konferencji Lotnictwa Cywilnego (ECAC), z którą Eurocontrol intensywnie wówczas współpracował. ECAC przyczynił się do polepszenia jakości kontroli przestrzeni powietrznej oraz harmonizacji strategii i procedur. Docelowo wszystkie państwa należące do ECAC miały przystąpić do Eurocontrol. Władze Eurocontrol odbywały regularne spotkania z ministrami transportu państw członkowskich ECAC poświęcone problematyce modernizacji systemu zarządzania ruchem lotniczym, tzw. MATSE ().

W latach 90. powstał slogan organizacji „Jedno niebo dla Europy ” (), zaprojektowane zostało także logo, którym organizacja posługuje się do dziś. W tym okresie organizacja zaczęła także bliższą współpracę z Komisją Europejską oraz ICAO – Eurocontrol była jedyną organizacją międzynarodową, która miała prawo zgłaszania poprawek do załączników ICAO.