Początkowemu okresowi działalności komisji towarzyszyły wzajemne oskarżenia o sprzyjanie zwaśnionym stronom (stronie północnej przez Polaków i Czechów, zaś stronie południowej przez Szwedów i Szwajcarów), co także powodowało protesty ludności cywilnej, którym towarzyszyły zamachy. W ich wyniku KNPN musiała w 1955 ewakuować Grupy Inspekcyjne z Inczon i Pusan (Korea Południowa), a następnie z Kangnŭngu i Daegu (Korea Płd) oraz Ch'ŏngjin i Hŭngnam (Korea Płn.) – reszta grup rok później została bezterminowo zawieszona. Wówczas Misja Polska liczyła już tylko ok. 85 członków, inni przedstawiciele także zmniejszyli stany osobowe misji (Szwajcaria i Szwecja chciały nawet całkiem je wycofać z powodu zbytnio przedłużającego się procesu pokojowego). W 1957 działalność KNPN ograniczyła się już w zasadzie tylko do przyjmowania i zatwierdzania raportów, przez co polska delegacja (jak i inne) była stopniowo zmniejszana – od 1963 liczyła już tylko ok. 10 członków. Zasadniczą zmianę przyniosła Jesień Ludów w 1989, kiedy to w państwach wschodniej Europy rozpoczął się upadek komunizmu ponadto zmianom uległa też polityka zagraniczna Korei Południowej, z którą w 1990 roku stosunki dyplomatyczne nawiązały państwa Układu Warszawskiego (w tym ZSRR), a dwa lata później ChRL.