Śledztwa w sprawach zbrodni nazistowskich (w szczególności dotyczące sprawców zamieszkujących na terenie Niemiec), prowadzone są przez IPN we współpracy z Centralą Badania Zbrodni Narodowosocjalistycznych (niem. Zentrale Stelle der Landesjustizverwaltungen zur Aufklärung Nationalsozialistischer Verbrechen) w Ludwigsburgu, utworzoną w grudniu 1958. Ponadto Komisja kieruje wnioski o udzielenie międzynarodowej pomocy prawnej do Ukrainy, Rosji, USA, Austrii, Wielkiej Brytanii, Francji, Irlandii oraz Kanady. Komisja też otrzymuje wnioski o udzielenie pomocy prawnej wpływające z innych państw.
Główna Komisja prowadzi działalność w ramach punktu kontaktowego Europejskiej Sieci Eurojust, który zajmuje się koordynowaniem ścigania sprawców odpowiedzialnych za popełnienie zbrodni ludobójstwa, zbrodni przeciwko ludzkości oraz zbrodni wojennych. Komisja współpracuje ponadto z Platformą Europejską Pamięci i Sumienia (The Platform of European Memory and Conscience).
Pion lustracyjny