Ta z kolei została postawiona w stan likwidacji wspomnianą wyżej ustawą z 1998, a jej dokumentację przejęła nowo powołana instytucja Instytut Pamięci Narodowej – Komisja Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu.
W kolejnych przekształceniach zachodzących na przestrzeni półwiecza widać zachodzące zmiany nazwy: od badania zbrodni niemieckich, potem hitlerowskich, poprzez dodanie członu „pamięci narodowej”, zastąpienie wyrazu „hitlerowskich” wyrazami „przeciw narodowi polskiemu”, wreszcie zastąpienie wyrazu „badania” wyrazem „ścigania”.
Zadania Do wyłącznej kompetencji prokuratorów Komisji należy ściganie przestępstw stanowiących zbrodnie komunistyczne, zbrodnie nazistowskie popełnione przez okupanta niemieckiego, zbrodnie nacjonalistów ukraińskich oraz inne czyny stanowiące zbrodnie wojenne i przeciwko ludzkości.