Pion śledczy realizujące zadania śledcze Instytutu w sprawach, o których mowa w art. 1 ustawy z 18 grudnia 1998. Składa się z jednostki nadrzędnej, czyli Głównej Komisji z siedzibą w Warszawie oraz jedenastu oddziałowych komisji i siedmiu referatów śledczych w delegaturach IPN. Komisja zatrudniała w 2020 r. 7 prokuratorów Głównej Komisji i 74 prokuratorów oddziałowych komisji.
Historia Pion jest kontynuatorem powołanej w 1945 Głównej Komisji Badania Zbrodni Niemieckich w Polsce, która od chwili powstania aktywnie współpracowała z Komisją Narodów Zjednoczonych do spraw Zbrodni Wojennych (UNWCC) z siedzibą w Londynie. W 1949 zmieniono nazwę na Główną Komisję Badania Zbrodni Hitlerowskich w Polsce i pod tą nazwą Komisja działała do 1984, kiedy po raz kolejny dokonano jej przekształcenia, zmieniając nazwę na Główna Komisja Badania Zbrodni Hitlerowskich w Polsce – Instytut Pamięci Narodowej. W 1991 poszerzono zakres badań Komisji, zmieniając jej nazwę na Główna Komisja Badania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu – Instytut Pamięci Narodowej.