Uczestniczył w Soborze Lokalny Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego w latach 1917–1918. Jeszcze w czasie jego trwania został metropolitą tyfliskim i bakijskim z tytułem egzarchy Kaukazu. W czasie pełnienia tej godności rywalizował z Cerkwią Gruzińską o przynależność jurysdykcyjną eparchii bakijskiej. Zimę na przełomie lat 1919–1920 spędził w więzieniu, zatrzymany przez Czekę. Po opuszczeniu więzienia został przeniesiony na katedrę kazańską i swijaską, jednak już w sierpniu 1920 ponownie go aresztowano pod pretekstem nielegalnego przejazdu z Moskwy do Kazania. Został skazany na pięć lat więzienia, jednak opuścił je już po dwóch, wobec zakończenia działań wojny domowej.
Aresztowany ponownie po siedmiu miesiącach na wolności, w sierpniu 1922 został zesłany do Ust-Sysolska. Mimo izolacji starał się angażować w wewnętrzne sprawy Cerkwi. W swojej korespondencji z patriarchą Tichonem apelował do niego o bezkompromisową postawę wobec ruchu Żywej Cerkwi. 7 stycznia 1925 Tichon mianował go, zgodnie z prawem nadanym mu przez sobór, pierwszym kandydatem do godności locum tenens patriarchatu moskiewskiego, w razie gdyby nie był w stanie sprawować swoich obowiązków ani zwołać soboru, który wybrałby następcę. Po śmierci Tichona przebywał jednak nadal na zesłaniu i nie był w stanie objąć godności locum tenens.