Wprowadzenie przez Gikaia ceremonii śpiewania sutr oraz kaplicy poświęconej opiekuńczym duchom do klasztoru jest często interpretowanie jako zerwanie z idealistycznym obrazem „czystego zenu” Dōgena, czyli związanego głównie z medytacją, chociaż nie jest to interpretacja właściwa, gdyż sam Dōgen opisywał praktyki poświęcone duchom opiekuńczym w rozdziale „Ango” dzieła Shōbō genzō.
Poza wewnętrznym konfliktem klasztornym „sandai sōron” (zobacz „Pierwsi opaci klasztoru” poniżej) doszło również do brzemiennego konfliktu z klasztorem Sōji, którego skutki są widoczne nawet dzisiaj. Opaci Sōji-ji wykorzystali reguły stworzone przez Keizana Jokina i wypromowali swój klasztor na największy klasztor szkoły sōtō, tworząc sieć powiązań ponad 17000 klasztorów i świątyń. Uważali więc, że to Sōji-ji powinien być głównym klasztorem (jap. honji) szkoły sōtō, a nie Eihei-ji. W czasie tego konfliktu obie strony wyprodukowały sporą ilość sprzecznych ze sobą i fałszywych dokumentów, które miały wspierać odpowiednie strony konfliktu przed władzami siogunatu. (Zobacz: Sōji-ji).
Świątynia ta pozostaje jedną z dwóch głównych świątyń sōtō zen, czyli daihonzan. Drugą świątynią jest w dzielnicy Jokohamy, Tsurumi.
Cała świątynia była kilkakrotnie niszczona przez pożary, po których była odbudowywana.