Obecnie jej najstarsza część pochodzi z 1749 roku.
Pierwsi opaci klasztoru Dōgen założył klasztor Eihei. Gikai go rozbudował oraz rozwinął rytuały klasztorne. Jakuen (chiń. Jiyuan) (1207–1299), chociaż nie był oficjalnie opatem tego klasztoru, tylko prowadził swój klasztor HōkyōJest to japońska wymowa okresu baoqing, w czasie której Dōgen studiował u mistrz Rujinga., wywarł na rozwój Eihei-ji wielki wpływ. Począwszy od 1314 roku, gdy opatem został jego najważniejszy uczeń Giun, spadkobiercy Dharmy Chińczyka Jakuena z Hōkyō-ji zdominowali Eihei-ji aż do około 1612 roku, gdy siogunat Tokugawów wymusił reorganizację szkoły sōtō. Eihei Dōgen Koun Ejō (był opatem Eihei-ji od 1253 do 1267 roku) Tettsū Gikai (był opatem Eihei-ji od 1267 do ok. 1286 roku) Gien (był opatem Eihei-ji od ok. 1286 do 1314 roku) Giun (był opatem Eihei-ji od 1314 do 1333 roku) Donki (był opatem Eihei-ji od 1333 do 1362 roku) XV-wieczny historyk Kenkō należący do linii przekazu Jakuena w swojej pracy Hōkyō yuishoki wyraża przekonanie, że Giun mógł zostać opatem Eihei-ji po śmierci Giena z powodu tzw. „sandai sōron” – wielkiej schizmy. „Sandai” odnosi się do „trzeciego pokolenia”, natomiast „sōron” – do konfliktu lub formalnego procesu sądowego przeprowadzanego w celu rozwiązania tego konfliktu.