Po reformie szkoły sōtō zaczęto inaczej liczyć opatów klasztoru. Jeszcze inaczej podszedł do tego Kenkō w swojej pracy Hōkyō yiushoki. Oto lista opatów zatwierdzona po reformie Tokugawy. Liczba w nawiasach to kolejność opatów według Kenkō, który odrzucił Gikaia i Giena i umieścił na liście „honorowo” Jakuena jako trzeciego opata. 7 (6). Iichi (do 1388 roku) 8 (7). Kijun (do 1400 roku) 9 (8). Sōgo (do 1405 roku) 10 (9). Eichi (do 1438 roku) 11 (10). Soki (do 1445 roku) 12 (11). Ryōkan (do 1457 roku) 13 (12). Kenkō (do 1468 roku) – po 100 latach opatem Eihei-ji ponownie zostaje były opat Hōkyō-ji 14. Kenzei (do 1474 roku) 15. Kōshū (do 1493 roku) 16. Sōen (do 1521 roku) Z niewliczonych po reformie opatów Eihei można wymienić (nr kolejny kursywą): 18. Kazō Gidon (do 1453 roku) 21. Meiten Keiju (do 1481 roku) 31. Isō Chūshin (zm. 1505)
Główne budynki 320px|Plan Eihie-ji odbudowana w 1749, jest najstarszym budynkiem Eihei-ji. Na piętrze znajduje się sala Rakan, w której prezentowane są rzeźby, przedstawiające kazanie Buddy wygłoszone do jego pięciuset uczniów i opisane w sutrze Kegon.