Wojna w Afganistanie thumb|250px|Sztab 40 Armii w Kabulu Po raz drugi 40 Armia została sformowana dyrektywą Sztabu Generalnego z 16 grudnia 1979 roku w związku z planowaną radziecką interwencją w Afganistanie. Jej pełna, oficjalna nazwa brzmiała: 40 Ogólnowojskowa Armia Turkiestańskiego Okręgu Wojskowego. Była podstawową siłą bojową Ograniczonego Kontyngentu Wojsk Radzieckich w Afganistanie. W szczytowym okresie (1985) liczyła 108 tys. żołnierzy (73 tys. w jednostkach liniowych).. Po opuszczeniu Afganistanu w lutym 1989, została rozlokowana na terenie Kazachstanu i w 1990 przekształcona w 59 Korpus Armijny. Po rozpadzie ZSRR weszła w skład sił zbrojnych Republiki Kazachstanu jako 1 Korpus Armijny.
Główne siły 40 Armii (108. i 5 Dywizja Zmechanizowana Gwardii) wkroczyły do Afganistanu 26 grudnia 1979 i następnego dnia osiągnęły podejścia do Kabulu. W samym mieście operowały już pododdziały wchodzącej w jej skład 103 Dywizji Powietrznodesantowej i specjalne grupy KGB. W ciągu dwóch dni, praktycznie bez walki (pomijając szturm pałacu prezydenckiego w Kabulu) oddziały te zajęły wszystkie ważniejsze miasta i przejęły kontrolę nad strategicznymi szlakami komunikacyjnymi.