Działania bojowe 40 Armii w Afganistanie polegały głównie na zwalczaniu lokalnych ugrupowań partyzanckich (mudżahedinów), uszczelnianiu granicy z Pakistanem (skąd napływały broń i ochotnicy do oddziałów partyzanckich), ochronie szlaków zaopatrzeniowych i instalacji o strategicznym znaczeniu (lotniska) oraz rozbudowie własnej infrastruktury. Największymi operacjami bojowymi przeprowadzonymi przez jej oddziały były: Sztorm-333 (1979), Panczszir-82 (1982), Panczszir-84 (1984), Magistrala (1987) i Tajfun (1989). Od końca 1986 rozpoczęło się wycofywanie 40 Armii z Afganistanu, które do wiosny 1988 miało wyłącznie propagandowy charakter (wyprowadzono zaledwie 15 tys. żołnierzy, 50 czołgów i 200 pojazdów pancernych). Po zawarciu porozumień genewskich w kwietniu 1988, rozpoczął się faktyczny odwrót 40 Armii, która w dwóch etapach (maj–sierpień 1988 i styczeń–luty 1989) opuściła Afganistan. Uznaje się, że ostatnim (żywym) żołnierzem 40 Armii, który opuścił Afganistan był jej dowódca, gen. porucznik Boris Gromow (15 lutego 1989 roku).