W 1404 nawiązał kontakty z rzymskim papieżem Bonifacym IX, jednak negocjacje przerwała śmierć Bonifacego i wybór na jego następcą Innocentego VII, który od razu odrzucił propozycje Benedykta. Negocjacje wznowiono dopiero z następcą Innocentego, Grzegorzem XII. W kwietniu 1407 Grzegorz XII i Benedykt XIII za pośrednictwem swych pełnomocników zawarli układ przewidujący ich bezpośrednie spotkanie w Savonie koło Genui. Do spotkania tego jednak nie doszło, a w maju 1408 Francja ponownie wypowiedziała posłuszeństwo Benedyktowi i skazała go na banicję – Benedykt XIII uciekł wtedy do Perpignan. W tym samym czasie kardynałowie z obydwu obediencji, zniecierpliwieni przedłużającą się schizmą, zbuntowali się przeciw swoim papieżom i z poparciem większości państw europejskich zwołali sobór do Pizy. Z tego powodu Benedykt XIII w listopadzie 1408 ekskomunikował prawie wszystkich swoich kardynałów, jednocześnie zwołując własny sobór do Perpignan.
Depozycja Sobór w Pizie 5 czerwca 1409 ogłosił depozycję zarówno Benedykta XIII, jak i Grzegorza XII. Trzy tygodnie później na soborze obrano antypapieża Aleksandra V, którego rok później zastąpił Jan XXIII.