thumb|Mer siarczan chondroityny
Siarczan chondroityny (ang. chondroitin sulfate) – siarczanowany glikozaminoglikan, czyli ujemnie naładowany polisacharyd zbudowany z powtarzających się jednostek dwucukrowych. W organizmach kręgowców występuje głównie jako część proteoglikanów macierzy zewnątrzkomórkowej, zwłaszcza w tkance chrzęstnej. W lecznictwie sól sodowa siarczanu chondroityny jest stosowana jako składnik niektórych produktów leczniczych z grupy wolno działających leków objawowych w chorobie zwyrodnieniowej stawów.
Budowa chemiczna Siarczan chondroityny nie jest pojedynczą cząsteczką o stałej długości, lecz rodziną pokrewnych łańcuchów polisacharydowych. Jego disacharydowe mery składają się z reszt kwasu glukuronowego i N-acetylogalaktozoaminy, połączonych naprzemiennie wiązaniami glikozydowymi β-1,3 i β-1,4. Grupa siarczanowa znajduje się najczęściej w pozycji 4-O albo 6-O reszty N-acetylogalaktozaminy. Położenie i liczba grup siarczanowych w łańcuchu, długość łańcucha oraz inne modyfikacje chemiczne wpływają na właściwości biologiczne siarczanu chondroityny.