W tym samym przeglądzie nie wykazano wyraźnego zwiększenia częstości działań niepożądanych w porównaniu z placebo.
Metaanaliza z 2019 roku dotycząca choroby zwyrodnieniowej stawu kolanowego wskazała na korzystny wpływ siarczanu chondroityny na ból i sprawność, ale jednocześnie podkreśliła dużą niespójność wyników badań, związaną między innymi z ryzykiem błędu systematycznego, wielkością badań oraz rodzajem stosowanego preparatu. Podsumowanie również wskazuje, że wyniki badań nad chondroityną w chorobie zwyrodnieniowej stawu kolanowego są niespójne, a różnice między preparatami mogą mieć znaczenie dla interpretacji wyników.
Wpływ chondroityny na strukturę stawu, oceniany między innymi przez zmiany szerokości szpary stawowej, pozostaje niepewny. Badania długoterminowe dawały sprzeczne wyniki: część z nich wskazywała na mniejsze zwężanie szpary stawowej, natomiast inne nie potwierdzały takiego efektu.