Italia) także Czechy, Dania, Serbia, Chorwacja i rządzona przez Władysława Hermana Polska, jednak w Cesarstwie znajdowało się kilka silnych ośrodków gregoriańskich.
Do około 1095 pozycja Klemensa III była stosunkowo mocna, choć od czasu do czasu (1086 i 1088) był zmuszany do opuszczania Rzymu przez zwolenników gregoriańskich papieży Wiktora III i jego następcy Urbana II. W 1087 Wiktor III ekskomunikował go na synodzie w Benewencie, jednak większość opinii publicznej w Rzymie i okolicy była po jego stronie. W 1089 przewodniczył synodowi w Rzymie, na którym unieważnił klątwę rzuconą na Henryka IV przez Grzegorza VII, a także ekskomunikował Urbana II i jego zwolenników. Po roku 1093 szala jednak stopniowo zaczęła się przechylać na korzyść Urbana II, który przekupstwem przejął kontrolę nad Lateranem (1094) i zamkiem św. Anioła (1098). Przez ostatnie lata życia Klemens rezydował w różnych miastach w środkowych i północnych Włoszech, m.in. w Rawennie, gdzie do końca życia zachował urząd arcybiskupi. Zmarł w Civita Castellana 8 września 1100.