Ocena pontyfikatu Klemens III został wybrany antypapieżem w opozycji do reformatorskiego papieża Grzegorza VII, którego program reform zakładał dążenie do uwolnienia Kościoła spod kurateli władzy świeckiej poprzez zniesienie świeckiej inwestytury, a także zwalczanie symonii oraz nikolaizmu wśród duchownych. Z tego względu w późniejszej katolickiej historiografii Klemens III był przedstawiany jako wróg tych reform i obrońca panujących nadużyć w Kościele. W rzeczywistości różnice między obozem gregoriańskim a Klemensem dotyczyły jedynie stosunku do Cesarstwa i inwestytury świeckiej, natomiast w kwestii pozostałych nadużyć działania Klemensa III były zgodne z postulatami reformatorów, m.in. na wspomnianym wyżej synodzie rzymskim w 1089 podjęto także uchwały przeciwko symonii i nikolaizmowi. Klemens potępiał także powszechną w obozie gregoriańskim praktykę nieuznawania sakramentów udzielanych przez schizmatyków. Dążył do pogodzenia Kościoła łacińskiego z greckim i w tym celu nawiązał kontakt z metropolitą kijowskim Janem II (1080–1089) i cesarzem bizantyjskim Aleksym I. Przyczynił się także do zwiększenia roli Kolegium Kardynałów. Nie był też marionetką cesarza Henryka IV, lecz prowadził własną, niezależną od niego politykę.