W 1998 roku wystąpił na Mistrzostwach Świata we Francji. Na początku turnieju został odsunięty od gry na 2 mecze za uderzenie łokciem zawodnika kadry Belgii Lorenzo Staelensa, a trener Guus Hiddink za karę odsunął go z meczu 1/8 finału z Jugosławią. Wrócił w ćwierćfinale z Argentyną, w którym to strzelił bramkę. Kolejne trafienie dołożył w meczu z Brazylią w półfinale, jednak po rzutach karnych to ostatecznie Brazylijczycy dotarli do finału.
Wystąpił także na Euro 2000 rozgrywanym na boiskach Belgii i Holandii. Został królem strzelców turnieju z 5 trafieniami. W półfinałowym meczu z Włochami nie wykorzystał rzutu karnego, w następstwie czego doszło do konkursu rzutów karnych, tam Kluivert "jedenastkę" wykorzystał, jednak to ostatecznie Squadrra Azzura wyszła z tego meczu zwycięsko.
Kolejny turniej z jego udziałem to Euro 2004 w Portugalii. Kluivert jako jedyny gracz z pola z holenderskiej kadry nie wystąpił ani minuty.
Życie prywatne Znany napastnik za swoją popularność zapłacił bardzo dużą cenę.