W 1920 roku został zatrudniony jako pracownik naukowy na Indiana University. W 1921 roku poznał swoją przyszłą małżonkę Clarę McMillen, mieli później trójkę dzieci. Kinsey kontynuował swoje badania nad galasówkowatymi. W latach 20. i 30. zebrał i sklasyfikował 35 000 tych owadów. W tym okresie zajmował się także pisaniem podręczników do biologii. Jeden z nich – „Wprowadzenie do biologii” – sprzedał się w nakładzie pół miliona egzemplarzy. Dochody ze sprzedaży podręczników pokrywały koszty jego podróży. Opublikował książkę na temat galasówkowatych, nie wzbudziła ona jednak wielkiego uznania. Badacz nie otrzymał propozycji objęcia stanowiska profesora na znanym uniwersytecie, na co liczył.
Seksuolog W 1937 roku zaangażował się w dyskusję, która zmieniła jego życie. Gazetka uniwersytecka skrytykowała uniwersytet za przestarzały program edukacji seksualnej. Kinsey poparł studentów i postanowił zorganizować naukowy kurs na temat małżeństwa i rodziny. Kurs miał z założenia mieć charakter prezentacji obiektywnej, naukowej, biologicznej wiedzy na temat ludzkiej seksualności. Istotnym problemem wśród młodzieży w tym okresie były choroby weneryczne, studenci domagali się informacji na ten temat, a także informacji na temat zachodzenia w ciążę i antykoncepcji.