Pierwsze zajęcia odbyły się w czerwcu 1938 roku. Na wykładach Kinsey omawiał m.in. dzieła polskiego antropologa Bronisława Malinowskiego. Kurs stał się niezwykle popularny, w 1940 uczestniczyło w nim 400 studentów. W celu zgromadzenia wiedzy na temat seksualności Kinsey zaczął prowadzić wywiady ze studentami, wypytując ich na temat ich życia seksualnego. Zaprojektował dla tego celu specjalny kwestionariusz, który składał się z 300 do 521 pytań. Metody Kinseya zaczęły budzić kontrowersje. Niektórzy wykładowcy narzekali, że kurs Kinseya i jego metody badawcze pobudzają seksualność młodzieży. Pod wpływem krytyki Kinsey zrezygnował z prowadzenia kursu, ale wciąż prowadził badanie ankietowe.
W 1947 roku założył Institute for Research in Sex, Gender and Reproduction na Indiana University, potocznie zwany Instytutem Kinseya. Działalność instytutu została sfinansowana z grantu Fundacji Rockefellera.