W 1948 roku opublikował książkę poświęconą męskiej seksualności (Sexual Behavior in the Human Male). Była ona oparta na 5300 wywiadach. Książka zawierała wiele kontrowersyjnych danych. Stwierdzała, że 37% zbadanych mężczyzn miało przynajmniej jeden homoseksualny kontakt seksualny w życiu (niekoniecznie stosunek), 4% mężczyzn od 18. roku życia uprawiało seks wyłącznie z mężczyznami, 90% badanych się masturbowało, 30–45% badanych zdradzało partnerki lub partnerów, 70% zbadanych mężczyzn korzystało z usług prostytutek, a 17% dzieci rolników miało kontakty seksualne ze zwierzętami. Książka stała się bestsellerem, sprzedano 200 tys. egzemplarzy w dwa miesiące. Przedstawione w niej poglądy i badania wzbudziły ogromne oburzenie ze strony osób religijnych, polityków i intelektualistów prawicowych.
W 1953 roku opublikował książkę na temat kobiet, Sexual Behavior in the Human Female. Przedstawiała ona podobną tezę jak poprzednia. Głosiła, że rzeczywiste ludzkie kontakty seksualne mają niewiele wspólnego z tym, jak przedstawia je konserwatywna moralność. 62% zbadanych przez Kinseya kobiet masturbowało się, 50% uprawiała seks przed ślubem, 26% zdradziło męża. Dane te były wstrząsem dla konserwatywnej opinii publicznej w USA.