W trakcie sezonu zdobył 4600 punktów, co dało mu piąte miejsce w klasyfikacji generalnej.
Po dobrym sezonie 2002 przyszedł jeszcze lepszy sezon 2003. Do wyścigu na torze w Charlotte startował z 37. pozycji. Nie przeszkodziło mu to jednak w odniesieniu czwartego w karierze zwycięstwa. Kolejne dwa triumfy odniósł podczas lipcowego i wrześniowego wyścigu na torze w New Hampshire. W klasyfikacji generalnej zajął wysokie, drugie miejsce, przegrywając jedynie z Mattem Kensethem.
W sezonie 2004 Jimmie Johnson był kierowcą, który odniósł najwięcej zwycięstw w sezonie. Po raz pierwszy triumfował na obiekcie w Darlington. Następnie wygrał wyścig w Charlotte, a później w Pocono. W kolejnym wyścigu zajął czwartą pozycję, co pozwoliło mu awansować w klasyfikacji generalnej na pierwsze miejsce. Umocnił się na pozycji lidera po zwycięstwie drugiego wyścigu w Pocono, lecz awarie samochodu i wypadki zepchnęły go na dziewiąte miejsce. Wygrał jeszcze cztery wyścigi i awansował na drugą pozycję, przegrywając mistrzostwo z Kurtem Buschem.