Sezon 2005 rozpoczął się od piątego miejsca w Daytonie. Pierwszym wygranym wyścigiem sezonu była runda na torze w Las Vegas. Jednak to drugie miejsce w Atlancie zapewniło Johnsonowi pozycję lidera. Po raz kolejny to właśnie on triumfował na owalu w Charlotte. Po wypadku na Indianapolis Motor Speedway stracił prowadzenie w mistrzostwach. Po zwycięstwie w Dover znowu awansował na pierwszą pozycję, ale 31. miejsce w Talladedze zepchnęło go na 4. pozycję. Na pięć wyścigów przed końcem sezonu awansował na 2. miejsce dzięki zwycięstwu w Charlotte. Drugie miejsce utrzymywał do ostatniego wyścigu w Miami, którego nie ukończył (wypadek na 43. okrążeniu). Sezon ukończył na 5. miejscu.
2006–2010: Pięć mistrzostw z rzędu Rok 2006 Johnson rozpoczął od swojego pierwszego triumfu w prestiżowym Daytona 500. Także w trzecim wyścigu sezonu w Las Vegas Johnson minął linię mety jako pierwszy. Wygrał też wyścig na legendarnym torze Talladega oraz Indianapolis. Jednak kilka gorszych wyścigów i wypadek podczas drugiego wyścigu na torze Talladega spowodowały, że lider klasyfikacji generalnej spadł na ósme miejsce, gdy do końca sezonu zostało tylko sześć wyścigów. Mimo to wygrał jeszcze wyścig na owalu Martinsville, a pozostałe wyścigi, poza rundą w Miami, ukończył na drugich pozycjach.