Ograniczenia Wszystkie pola siłowe oparte są na licznych przybliżeniach, często bazujących na różnych technikach pomiarowych. Dlatego też wyprowadzone w ten sposób parametry określa się mianem „empirycznych”. Znacząca większość stosowanych pól siłowych nie posiada zaimplementowanej funkcji symulującej polaryzowalności cząsteczki oraz jej otoczenia, ograniczając interakcje elektrostatyczne do oddziaływania ładunków punktowych. Dopiero od niedawna istnieją pola odtwarzające takie właściwości układów molekularnych. Jednakże w tym przypadku często stosowane jest przybliżenie polegające na posłużeniu się makroskopową stałą dielektryczną, co nie stanowi dobrego odwzorowania silnie heterogenicznego środowiska, w którym występują biologicznie aktywne molekuły takie jak białka i kwasy nukleinowe.
Wszystkie typy sił van der Waalsa także są silnie zależne od środowiska, ponieważ wywodzą się z oddziaływań dipoli indukowanych. Oryginalna teoria, sformułowana przez Fritza Londona dobrze oddaje jedynie warunki istniejące w próżni. Dopiero w 1963 r. A.D McLachlan opracował teorię, która lepiej opisywała interakcje międzycząsteczkowe zachodzące w fazie stałej.