Powstające w niej ikony, kompletne ikonostasy i inne dzieła zakonnic oraz wychowanków przytułku trafiały do cerkwi w Wilnie i poza nim. Druga pracownia prowadzona przez mniszki zajmowała się szyciem szat liturgicznych. Za wzorowe kierowanie nowo powstałym klasztorem ihumenia Flawiana została nagrodzona w 1871 prawem noszenia krzyża napierśnego. W 1877 z tego samego powodu została zgłoszona do nagrody krzyża z ozdobami, której jednak nie doczekała (zmarła w 1878).
Działalność klasztoru do bieżeństwa Po śmierci ihumeni Flawiany jej obowiązki przejęła mniszka Antonina (Zołotariowa), przybyła razem z nią z Moskwy. Godność ihumeni otrzymała z rąk arcybiskupa wileńskiego i litewskiego Makarego w niecałe dwa miesiące po formalnym objęciu funkcji przełożonej, 22 czerwca 1878. Zakonnica ta pozostawała na czele wspólnoty do 1900, kiedy z powodu podeszłego wieku zrezygnowała z funkcji. Zmarła w klasztorze cztery lata później. Na jej następczynię arcybiskup wileński i litewski Juwenaliusz wyznaczył sprowadzoną z innego monasteru ihumenię Mojżeszę (Lalinę). Zainicjowała ona generalny remont zabudowań klasztornych, w czasie którego cerkwie zostały wyłożone marmurem, do głównej świątyni wstawiony został nowy ołtarz, zaś wszystkie wzbogaciły się o nowe ikony.