W 1992 po śmierci prałata Kazimierza Filipiaka został mianowany duszpasterzem Ormian w Polsce. W 1995 z jego inicjatywy powołano Związek Ormian w Polsce im. Józefa Teodorowicza. Pozyskano kamienicę w Gliwicach, w której zamierzano urządzić muzeum ormiańskie. Parafia zaczęła prowadzić sklep tekstylny, z którego czerpała pieniądze na swoje utrzymanie.
Za zasługi dla Kościoła katolickiego obrządku ormiańskiego w Polsce patriarcha Jan Piotr XVIII w 1997 podniósł go do godności kercharkeli.
Napięcia z diasporą ormiańską Od lat dziewięćdziesiątych XX wieku ksiądz Józef Kowalczyk mimo zasług dla diaspory ormiańskiej w Polsce zaczął postępować nie po myśli wiernych, którymi się opiekował. Wprowadził reformy religijne mające upodobnić Kościół ormiański w Polsce do innych wspólnot ormiańskokatolickich. Starał się upowszechnić mało znany na ziemiach polskich ryt libański i zrezygnował z odprawiania mszy w języku polskim na rzecz języka staroormiańskiego (grabar).
Od 1993 popadł w konflikt z wiernymi obrządku ormiańskiego z Gdańska gdy próbował przejąć wota i pamiątki ormiańskie zgromadzone w kościele św. Piotra i Pawła w Gdańsku. W 1999 wdał się w ponowny spór z parafią gdańską gdy chciał wywieźć z Gdańska obraz Matki Boskiej Łaskawej.