Za swoje postępowanie na szkodę wiernych ormiańskich w latach 2000–2001 został suspendowany.
Po rocznym pobycie za granicą i zdjęciu nałożonej na niego kary kościelnej powrócił do parafii gliwickiej i jeszcze kilka lat nią administrował. Podjął się zbiórki pamiątek ormiańskich na rzecz organizowanego muzeum. Pracował jako wykładowca w Akademii Polonijnej.
Odwołanie z funkcji duszpasterza Ormian W połowie 2004 poinformował nagle prymasa Polski o wygaśnięciu parafii personalnej obrządku ormiańskiego w Gliwicach. Nie informując o niczym diaspory ormiańskiej na Górnym Śląsku sprzedał majątek parafii i wyjechał z Gliwic zabierając ze sobą wiele zgromadzonych na rzecz muzeum eksponatów.
Zaniepokojeni sytuacją wierni obrządku ormiańskiego podjęli jego poszukiwania oraz zgłosili nadużycia u władz kościelnych. 15 lipca 2004 roku i 12 listopada 2004 kardynał Józef Glemp wydał dekrety, w których odwołał księdza Józefa Kowalczyka ze stanowiska duszpasterza Ormian w Polsce i powołał w jego miejsce księży Tadeusza Isakowicza-Zaleskiego oraz Artura Avdalyana.