W lutym 2002 Jerzy Morawski na łamach „Rzeczpospolitej” ujawnił oskarżenia kierowane pod jego adresem o seksualne molestowanie poznańskich kleryków. Do tego czasu przez ponad dwa lata lokalne środowisko katolickie próbowało rozwiązać sprawę bez jej nagłaśniania. Rozmowy z metropolitą, a także interwencje u nuncjusza apostolskiego arcybiskupa Józefa Kowalczyka, u biskupów polskich oraz w Watykanie okazały się jednak nieskuteczne. W listopadzie 2001 metropolita odwołał ze stanowiska redaktora naczelnego „Przewodnika Katolickiego” księdza Jacka Stępczaka, który odmówił publikacji oświadczenia biskupów pomocniczych i wszystkich dziekanów archidiecezji poznańskiej wyrażających solidarność z oskarżonym arcybiskupem. W lutym 2002 wystosowany został list otwarty 26 sygnatariuszy w obronie dobrego imienia hierarchy. Papież Jan Paweł II, powiadomiony przez Wandę Półtawską o zarzutach wobec arcybiskupa, wysłał do Poznania swoich przedstawicieli z zadaniem zbadania sprawy. Hierarcha zaprzeczył sformułowanym przeciwko niemu oskarżeniom, jednakże złożył rezygnację z obowiązków arcybiskupa metropolity poznańskiego, którą Jan Paweł II przyjął 28 marca 2002.