Równocześnie Stolica Apostolska nałożyła na niego zakaz udzielania sakramentów święceń i bierzmowania, głoszenia kazań, konsekrowania kościołów i ołtarzy, przewodniczenia publicznym uroczystościom, a w 2013 także udziału w nich. Dopiero w 2019 na spotkaniu z księżmi arcybiskup Stanisław Gądecki ujawnił, że hierarcha został uznany za winnego. Duchowny nie przestrzegał nałożonych przez Watykan zakazów liturgicznych, czym wywoływał falę społecznej krytyki. Nie wytoczono mu procesu w celu pociągnięcia do odpowiedzialności karnej za przypisywane mu czyny. Nominację biskupią do Łomży, a następnie przeniesienie na arcybiskupstwo w Poznaniu wiązano z próbami zaradzenia jego aktywności homoseksualnej.

W ramach prac Episkopatu Polski wszedł w skład Rady Stałej, objął funkcję przewodniczącego Rady ds. Środków Społecznego Przekazu, a ponadto został członkiem Komisji ds. Duszpasterstwa Turystycznego, Komisji ds. KUL i Zespołu ds. Stałych Kontaktów z Episkopatem Litwy.

Konsekrował dwóch biskupów pomocniczych poznańskich: Marka Jędraszewskiego (1997) i Grzegorza Balcerka (1999), a także był współkonsekratorem podczas sakry biskupa pomocniczego płockiego Andrzeja Suskiego (1986).