W 1919 roku o. Woroniecki rozpoczął wykłady teologii moralnej i etyki na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim. Jednocześnie był dyrektorem konwiktu księży studentów. W czasie wojny polsko–bolszewickiej był kapelanem lotnym Wojska Polskiego. Był członkiem Wojewódzkiego Komitetu Obrony Narodowej w Lublinie w 1920 rokuObrona państwa w 1920 roku, Warszawa 1923, s. 419.. W 1922 roku został wybrany rektorem uczelni w miejsce zmarłego na gruźlicę ks. prof. Idziego Radziszewskiego. Okres rządów rektorskich o. Woronieckiego był naznaczony kłopotami finansowymi, które potęgował spadek wartości waluty. Były to najtrudniejsze lata w historii uniwersytetu. W ocenie biskupa Mariana Fulmana dzięki skutecznym staraniom o pozyskanie funduszy udało mu się uratować uczelnię przed upadkiem. Przyczynił się również do rozwoju naukowego uczelni dzięki staraniom o pozyskiwanie najlepszych wykładowców krajowych i zagranicznych. Ze względu na pogarszający się stan zdrowia musiał złożyć dymisję ze stanowiska rektora w marcu 1924 roku, pozostał jednak dziekanem Wydziału Teologicznego. Najważniejsze pisma o.