Współtworzył pierwsze w Polsce specjalne strefy ekonomiczne w Mielcu (1995) i Tarnobrzegu (1997). W październiku 1999 udzielił poręczenia osobistego podejrzanemu o działalność na szkodę zakładu byłemu prezesowi PZL Mielec Wiesławowi Pastule, umożliwiając jego zwolnienie z aresztu; według przedstawiciela zakładowej komisji NSZZ „Solidarność” Wiesław Ciesielski miał w 1997 ukrywać „rzeczywistą kondycję zakładu”. Jego rola w tzw. aferze rafinerii południowych w okresie sprawowania funkcji generalnego inspektora kontroli skarbowej była przedmiotem śledztwa prowadzonego przez prokuratora w Krakowie. W czerwcu 2005 był przesłuchiwany w charakterze świadka przez komisję śledczą w sprawie PKN Orlen. W sierpniu 2006 prokurator przedstawił mu zarzuty składania fałszywych zeznań w śledztwie dotyczącym przemyskiej izby celnej. W grudniu 2007 został uniewinniony przez Sąd Rejonowy w Rzeszowie.
W trakcie przygotowań do wyborów parlamentarnych w 2005 został jako współpracownik Leszka Millera usunięty z listy wyborczej do Sejmu przez nowego przewodniczącego SLD Wojciecha Olejniczaka i – odrzuciwszy propozycję startu do Senatu – nie kandydował do parlamentu. Dwa lata później odszedł z SLD i zrezygnował z działalności politycznej. Zajął się hodowlą krów w Bieszczadach.